Epidemiologiset tutkimusmenetelmät (10 op) - syksy 2007

Luentoajat

• Luennot ti 10-12 ja pe 10-12, luokka B120.
• Harjoitukset pe 12-14, luokka B120. Ensimmäiset harjoitukset 21.9.
• Kurssi kestää koko syyskauden eli opetusperiodit I (3.9.-21.10) ja II (29.10.-16.12.).
• Kurssi suoritetaan kurssikokeilla (kaksi koetta). Kokeiden päivämäärät ovat 19.10. (perjantai) ja 11.12. (tiistai).

Luennoija

• FT Kari Auranen (kari.auranen at ktl.fi)

Kurssilla nyt:

• Toisen kurssikokeen mallivastauksia.
• Toinen kurssikoe on tiistaina 11.12. klo 10.00-12.00 (aloitetaan tasalta!) luokassa B120. Koe kestää 2 tuntia ja siinä on neljä tehtävää. Koealue: Luennot 11-20. Kirjan luvut 12 sekä ja 16-19, 21-27,29-30. Harjoitukset 5-9 (paitsi tehtävät 3 ja 4 harjoituksista 9).
• Vastauksia yhdeksänteen harjoitukseen.
• Harjoitus 9
• iskemia.txt
• BCG.txt
• BCGmatched.txt
• doseresponse.txt
• hodgkins
• survivaldata
• seuranta (tehtävä 2/9)

Kurssikuvaus:

Kurssilla tutustutaan tautien yleisyyden mittaamisessa sekä terveyteen liittyvien altistevaikutusten arvioimisessa käytettyihin tutkimusasetelmiin ja tilastollisiin menetelmiin. Perusaineksina ovat erilaiset todennäköisyysmallit ja niiden käyttö epidemiologian ongelmissa. Kurssilla käsitellään mm. kohortti- ja tapaus-verrokki -tutkimusten suunnittelua ja tilastollista analyysia.

Kurssi kuuluu tilastotieteen koulutusohjelman biometrian pääaineen lääketieteellisen tilastotieteen erikoistumislinjan opintoihin. Kurssiin kuuluvat viikottaiset luennot (4 luentotuntia) sekä lisäksi laskuharjoituksia (2 viikkotuntia). Kurssin laajuus on 10 op (tai 5 ov).

Kurssin suoritus

• Kurssi suoritetaan kurssikokeilla. Laskuharjoitusten riittävällä suorittamisella saa lisäpisteitä. Tarvittaessa voidaan sopia viiden opintopisteen laajuinen kokonaisuus, johon kuuluu yksi tentti. Tämä vaihtoehto on tarkoitettu erityisesti sovellusalojen opiskelijoille.

Esitiedot

• Kurssin esitietoina on hyödyksi tilastollisen päättelyn perusteiden tuntemus (esim. Tilastollisen päättelyn kurssi). Oppimateriaalina käytettävä kirja soveltuu silti hyvin myös sovellusalojen edustajille.

Luento- ja harjoitusmateriaali

• Kurssi seuraa kirjaa Clayton and Hills: Statistical Models in Epidemiology, Oxford University Press, 2002. Lisäksi kotisivulle ilmestyvät luentotiivistelmät, joista voi seurata kurssin edistymistä.

Luentotiivistelmät ja alustava ohjelma

Viikko 37

1. Binäärimalli. Ehdollinen todennäköisyys. Bayesin kaava. (Kirjan 1. ja 2. luku)

2. Uskottavuuspäättely (Kirjan 3. luku)

Viikko 38

3. Elinaikataulut. Kaplan-Meier -estimaatti. (Kirjan 4. luku)

4. Elinaika-analyysin perusteita: vaarafunktio, kumulatiivinen ilmaantuvuus, Aalen--Nelson -estimaatti. (Kirjan 5. luku)

Viikko 39

5. Useita aikamuuttujia. Kilpailevien riskien malli. (Kirjan luvut 6 ja 7)

6. Uskottavuusfunktion approksimointi. Tilastolliset paradigmat. (Kirjan luvut 8 ja 9)

Viikko 40

7. Tilastollinen merkitsevyys ja p-arvot. (Kirjan 11. luku)

8. Suhteellinen ilmaantuvuus. (Kirjan 13. luku)

Viikko 41

9. Sekoittavat tekijät. Suora vakiointi. (Kirjan 14. luku)

10. Suhteellisen hasardin malli. Tapaus-verrokki -asetelma. (Kirjan luvut 15 ja 16)

Viikko 42

11. Tapaus-verrokki -asetelma jatkuu. (Kirjan luvut 17 ja 18)

I Kurssikoe (perjantai 19.10. klo 12-14)

Viikko 43

Syystauko

Viikko 44

12. Tapaus-verrokki -asetelma jatkuu (sama moniste kuin edellisellä kerralla). (Kirjan luku 18)

13. Kaltaistaminen (Kirjan luku 19)

Viikko 45

14. Otoskoon määrääminen. (Kirjan luku 21)

15. Regressiomallit. Poisson- ja logistinen regressio. (Kirjan luvut 22 ja 23)

Viikko 46

16. Jatketaan regressiomalleista: Hypoteesien testaus regressiomalleissa. Yhdysvaikutukset. (Kirjan luku 24)

17. Ehdollistettu logistinen regressio. Cox'in suhteellisen hasardin malli. (Kirjan luvut 29 ja 30)

Viikko 47

18. Annos-vaste -mallit. Lisää yhdysvaikutuksista. (Kirjan luvut 25 ja 26)

19. Täydennystä regressiomalleihin (Kirjan luku 27 ja poimintoja aiemmista luvuista)

Viikko 48

20. Pienet aineistot. (Kirjan luku 12)

21. Pesäytetty tapaus-verrokki -asetelma (kirjan luku 33)

Viikko 49

22. Kaksi artikkelia: tilastollisen merkitsevyyden testaamisesta

Viikko 50

II kurssikoe (tiistai 11.12. klo 10-12)

Harjoitukset ja vastaukset

1. Ensimmäiset harjoitukset (21.9.2007)

Ensimmäisten harjoitusten vastaukset

2. Toiset harjoitukset (28.9.2007) Ohje tehtävään 2 atresia.dat

Toisten harjoitusten vastaukset

3. Kolmannet harjoitukset (5.10.2007)

Kolmansien harjoitusten vastaukset (5.10.2007)

4. Neljännet harjoitukset (12.10.2007)

Neljänsien harjoitusten vastaukset (12.10.2007)

5. Viidennet harjoitukset (2.11.2007)

Viidensien harjoitusten vastaukset (2.11.2007)

6. Kuudennet harjoitukset (9.11.2007)

Kuudensien harjoitusten vastaukset (9.11.2007)

7. Seitsemännet harjoitukset (16.11.2007)

Seitsemänsien harjoitusten vastaukset (16.11.2007)

8. Kahdeksannet harjoitukset (23.11.2007)

Kahdensansien harjoitusten vastaukset (23.11.2007)

9. Yhdeksännet harjoitukset (30.11.2007)

Yhdeksänsien harjoitusten vastaukset (30.11.2007)

Viimeksi päivitetty 24.9.2007
#http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid07/